新風系統的維護是一個經常被忽視的重要項目。為確保衛生、安全和功能穩定，就需要定期清潔和維護這類系統。時間間隔取決于當地室外空氣的質量、濕度和設備本身。根據相關標準，系統需要至少每2年進行一次清潔和維護。

　　而對于有的新風系統來說，當地服務提供商需要配備專用管道清洗設備，并接受系統規范方面的技術培訓，標準是每年清潔保養一次。

　　有的壁掛式新風機也需要定期維護和清潔室外出風口。如4月柳絮季結束，11月霧霾季開始，對室外出風口、室外管道、機庫、檢查庫等進行檢查、清理。中間密封，以保持機器處于較好運行狀態。

　　新風系統拼湊在一起，造成部分部位保溫不足，產生冷凝水，滋生細菌，造成二次污染�？諝馐歉鞣N氣體的混合物，包括水蒸氣�？諝庵兴�含的水蒸氣是有限的，溫暖的空氣可以容納更多的水蒸氣。當熱空氣變冷并達到空氣的露點溫度時，凝結水會在空氣中沉淀，凝結水的積聚和滯留會導致細菌生長并產生異味。因此，新風系統的凝結水是一個普遍需要注意的問題。